清華大學醫學院成立于2001年，經過20年的建設，已經建立了強大的科研能力與專家團隊和系統的學生培養體系，積極為“健康中國”的國家目標貢獻成果與人才。著名醫學科學家、兩院院士吳階平先生擔任首任院長，生物物理學家趙南明教授、結構生物學家施一公院士、神經科學家魯白教授、免疫學家董晨教授先后擔任常務副院長。2016年9月，董晨教授擔任醫學院院長。2020年12月，祁海教授擔任醫學院院長。
清華醫學院下設基礎醫學系、臨床醫學院、生物醫學工程系和公共健康研究中心，涵蓋了分子與細胞生物學、免疫學、腫瘤生物學、傳染病學、神經科學、生物醫學工程學、公共健康學與臨床醫學八大學科。 在臨床方面，清華大學華信醫院、清華大學玉泉醫院、北京清華長庚醫院是我院的附屬醫院，解放軍總醫院（301醫院）、北京醫院、中日友好醫院、北京積水潭醫院和北京神經外科研究所（天壇醫院神經外科）是我院的教學醫院。
2016年12月，醫學院下成立臨床醫學院，將進一步整合基礎和臨床教學資源，提升臨床醫學博士培養質量，建設住院醫師、?？漆t師規范化培訓基地。
